Để đạt yêu cầu rau sạch, điều quan trọng là phải bón phân đúng cách. Vì vậy cần chú ý những điểm sau:
- Không nên dùng phân hữu cơ tươi bón hoặc tưới cho rau, phân cần ủ thật hoai^, xử lý diệt vi khuẩn theo hướng dẫn. Không nên dùng nước thải sinh hoạt chưa xử lý để tưới cho rau.

- Không nên dùng phân chế biến từ rác thải thành phố, vì trong loại rác thải này có chứa nhiều kim loại nặng.

- Phân hữu cơ nên trộn với phân lân và phân kali bón lót cho ruộng rau, bón xong rồi cày đất hoặc bón theo luống. Một năm bón cho 1ha khoảng 20 tấn phân hữu cơ, 500kg phân supe lân hoặc lân nung chảy, 250-300 kg phân kali. Bón một lần hoặc chia làm hai lần trong năm vào lúc thuận tiện nhất, làm như vậy đất sẽ tơi xốp và có dự trữ lân, kali, lưu huỳnh, magie và các chất dinh dưỡng khác.

- Định kỳ theo đặc điểm của loại rau ăn lá đang trồng mà tưới phân đạm. Phân đạm càng pha loãng càng tốt, tưới vào gốc tránh tưới trên lá. Số lượng tưới theo hướng dẫn. Trước lúc thu hoạch rau 15-20 ngày nên ngưng tưới phân đạm để lượng nitrat trong rau không quá cao.

- Cây rau có thể hút các chất điều hoà sinh trưởng và chất dinh dưỡng qua lá, nên dùng biện pháp này có thể tăng năng suất rau, song các chất điều hoà sinh trưởng là các hoá chất có thể gây độc cho người và gia súc. Các chất này lúc thu hoạch có khi vẫn bám trên mặt lá, không rửa kỹ sẽ rất có hại. - Không nên dùng bất kỳ loại phân phun lá nào cho các loại rau ăn.